Dataverse: aplikasi opensource untuk mengelola data riset

Tulisan sebelumnya tentang manajemen data riset, saya menulis singkat tentang Mendeley Data. Silakan cek di http://www.purwo.co/2016/06/mengelola-data-riset-menggunakan.html. Mendeley data gratis, namun storage ada di server Mendeley. Tentunya ini jadi pertimbangan jika akan merekomendasikan, atau paling tidak, pengguna harus paham hal tersebut.

Nah, kita lihat alternatif lainnya. Studi banding saya ke Harvard, mengantarkan saya pada URL https://dataverse.harvard.edu. "Share, archive, and get credit for your data. Find and cite dataacross all research fields.", demikian tulisan yang ada di header alamat tersebut. Sebagai praktisi, bagi saya yang menarik adalah: "pakai software apa, yak?". Ternyata di bagian bawah tertulis "Dataverse".

Ketika saya telusur, ketemulah web berikut: https://dataverse.org/best-practices/data-management. 

Dataverse is an open source web application to share, preserve, cite, explore, and analyze research data. It facilitates making data available to others, and allows you to replicate others' work more easily. Researchers, data authors, publishers, data distributors, and affiliated institutions all receive academic credit and web visibility.

Pada web tersebut, dicantumkan pula alamat kode sumber aplikasi, yang ternyata pengembangannya dikelola menggunakan Github. Silakan cek di https://github.com/IQSS/dataverse. Sepertinya aplikasi ini rajin diperbarui. Ketika saya membuka laman Git tersebut, ada yang baru diupdate 10, 5, bahkan 3 hari yang lalu. Demo aplikasi ini juga tersedia di https://demo.dataverse.org/. 

isian dataset

Dataverse mampu mengunggah file dari dropbox. Selain itu, contoh milik Harvard menunjukkan bahwa dataverse bisa ditempeli DOI, sehingga penemuan data menjadi lebih akurat, tentunya juga memudahkan dalam pengutipan data.

Dataverse juga memungkinkan satu metadata memiliki banyak file. Serta mendukung versioning data. Silakan lihat gambar di bawah ini.

Semoga bermanfaat.

Mengelola data riset menggunakan Mendeley Data

Seri: scholarly communication librarian.

Saya menemukan istilah data riset secara tidak sengaja. Tepatnya ketika menulis buku tentang Mendeley. Ketika itu saya menuliskan calon judul buku tersebut  "manajemen data riset"... Eh, setelah dipikir kok tidak tepat. Waktu itu ketemu juga dengan Pak Alfa Narendra (mahasiswa S3 Teknik Sipil UGM), yang kemudian diskusi kami menjadikan judul buku saya menjadi Manajemen Dokumen..

Nah, ketika ngulak-alik web perpustakaan di luar negeri terkait istilah manajemen data riset tersebut, ketemulah saya dengan DRM (data research management). Eh, ternyata telah banyak perpustakaan yang membantu pengelolaan data riset mahasiswanya.
Pertanyaan saya, carane piye?

Pff, ternyata berbayar bro.

• https://library.stanford.edu/research/data-management-services
• https://www.lib.umn.edu/datamanagement
• http://researchdata.ox.ac.uk/home/introduction-to-rdm/
• http://data.research.cornell.edu/
• https://dmptool.org/
• https://dataverse.harvard.edu

Okelah, takdir membawa saya ke Mendeley Data. Waktu itu masih Beta. Berikut ulasan (sangat) singkatnya.

Ketika meneliti, peneliti dihadapkan pada berbagai data yang harus disimpan dan diolah. Data ini dapat berupa file spreadsheet, hasil wawancara atau sekedar dokumen pedoman wawancara. Data tersebut sebenarnya juga dapat digunakan oleh orang lain.  Nah, bagaimana agar data tetap tersimpan dan mudah ditemukan, serta citable oleh orang lain yang membutuhkan?

Mendeley, selain membangun Reference Management Software, juga membuat portal pengelolaan data riset. Portal dapat dibuka di http://data.mendeley.com. Login? tentu saja, gunakan akun mendeley atau elsevier yang telah anda miliki. Buat baru jika belum punya.

Put your research data online today

Untuk akses menemukan kembali, data akan diberi atribut DOI. Keren, kan?

Langkah penggunaan 
Pertama adalah upload data dan file.
Pata tahap ini, kita diminta mengisi metadata: judul, kontributor, file, kategori, deskripsi data, steps to reproduce dan related link serta upload file. Boleh lebih dari satu file, lho. Menariknya ada opsi lisensi open yang bisa dipilih. Artinya, file yang diunggah ya... yang boleh diakses orang lain. Jangan yang rahasiah...
Eh, ada seting embargonya juga sehingga memudahkan kita jika akan melakukan kontrol waktu akses pada data.
Pada panel kanan, bisa dilihat preview tampilan jika data tersebut dikutip.

metadata, lengkap dengan DOI

informasi versi, visibility dan terakhir disimpan

lisensi yang tersedia

Ketika diklik SHARE, maka akan muncul URL yang dapat dibagikan pada orang lain agar bisa mengakses data yang dimiliki. Share yang dilakukan sebelum publish akan expire jika telah dilakukan publish atau membuat versi baru. Coba lihat metadatanya, ada versioning yang menunjukkan versi terakhir dari data. Cakep, kan?

 

 Berikutnya, adalah publish. Selesai.

 

Setelah dipublikasikan, DOI yang tersemat pada data akan memudahkan dalam pencarian. DOI ini terbaca di DOI.ORG. Namun sampai artikel ini ditulis saya masih gagal melakukan pencarian by DOI ini di Mendeley. Agaknya ini masalah teknis saja. Justru di Zotero, berhasil meski metadata pengarang tidak terbaca dengan sempurna (saya mencoba satu data). Di Zotero dibaca sebagai artikel jurnal.  Kode DOI memiliki akhiran angka, yang menunjukkan versi data. Misal 10.17632/9x4vd92rcj.1 untuk versi pertama, dan 10.17632/9x4vd92rcj.2 untuk versi kedua.

Data riset ini, jika dikutip, ditulis dengan format apa ya?

Dokumen yang memiliki dua versi, juga bisa dibandingkan

perbandingan data. klik untuk memperbesar tampilan

Tulisan terkait:
Data management plan (before, during and after research) (klik)
Data management course Dari Univ Minesota https://sites.google.com/a/umn.edu/data-management-workshop-series/module2

Perubahan tampilan Mendeley: responsive eui

Mendeley sepertinya melakukan penyegaran tampilan. Saya lihat tampilan admin dan tampilan profile berubah lebih fresh.

tampilan profile yang telah responsive

Pada contoh tampilan profile di atas, informasi My Publications menjadi lebih jelas dengan tambahan jumlah reader terhadap dokumen terkait. Tentunya ini semakin memperteguh Mendeley yang menyatakan diri sebagai academic social network. Fasilitas unduh atau download juga terlihat jelas dengan border biru terletak di bawah judul dan nama pengarang. Hal ini memudahkan orang yang ingin mengunduh.
Tampilan ini juga sudah responsive, artinya dapat dengan nyaman dibuka diperangkat mobile. Bagi pemilih iPad pasti sangat menyenangkan mengelola koleksinya di Mendeley dengan perangkat iPadnya.

tampilan my library

Tampilan My Library yang hanya bisa diakses oleh pemilik akun juga mengalami perubahan seperti di atas. Dengan tampilan layar penuh, akses dan pembacaan pada koleksi yang dimiliki terasa lebih nyaman.

Mendeley Pros vs Zotero Pros

Dari diskusi di Grup Mendeley Advisor, saya mendapatkan kiriman komentar dari Wajdi Karim seperti pada gambar di bawah ini:

Mendeley Pros vs Zotero Pros

Zotero dan Mendeley merupakan dua aplikasi manajemen data riset yang cukup populer. Pertanyaannya adalah: mana yang harus digunakan?
Melihat postingan di atas ternyata keduanya memiliki kelebihan masing-masing selain fitur utama.
Dibanding Zotero, Mendeley bagus dalam pengelolaan dokumen .pdf, interface yang menarik, memiliki ruang simpan bebas biaya 2 GB, banyak resources yang bisa diakses, memudahkan berbagi dokumen serta ada fitur dan adanya fitur penyingkatan nama jurnal. 
Sementara Zotero memiliki kelebihan dibanding Mendeley pada: pengelolaan laman web, pemotretan laman web dan lebih baik dalam pengelolaan file non .pdf. Selain itu juga mampu mengambil metadata dari buku melalui ISBN.

Lalu pilih mana?
Gunakan keduanya, dan jalankan fitur Zotero integration pada Mendeley. Gunakan Mendeley untuk pengelolaan sitasi dan daftar pustaka. Selesai.

Mendeley Update: Mendeley Desktop 1.12.3

Mendeley Update Note
This release improves the performance of the Word plugins, especially when adding new citations or adjusting citations in large documents. It also adds support for importing articles in MEDLINE format, for easier bulk import from PubMed.

Please note that Mac Word 2008 is no longer supported as of this release. The new Word plugin offers improved performance and stability but requires Word 2011 on Mac. For Windows users, Word 2007 and later is supported, including Office 365.

Improvements

1. Inserting or updating a single citation in a document with many citations is much faster in many cases.
2. Refreshing citations in large Word documents is now much faster. Word now also reports the progress of the refresh in the status bar.
3. The citation style for new Word and LibreOffice documents now defaults to the currently selected citation style in Mendeley Desktop.
4. Added an option in General Preferences to choose whether documents are automatically marked as read when opened.
5. Added support for importing articles in MEDLINE format, to enable better bulk importing from PubMed.

Bugs Fixed

1. Fixed an issue that could result in citations being lost when refreshing multiple Word documents simultaneously.
2. (Mac Word) Fixed an error when inserting a citation in a table with text wrapping enabled.
3. Fixed an issue where note annotations were not exported correctly as standard PDF annotations when using File → Export PDF with Annotations...
4. Known causes of crashes while inserting citations have been fixed, and error handling has been added so that any unexpected error should display an error message instead of crashing Mendeley Desktop.
5. The "Plugin Installed" dialog was displayed on OS X after updating Mendeley Desktop. This dialog is now only displayed after the user manually initiates an install or update.
6. Styles with no bibliography (e.g. Bluebook Law Review) now use the in-line citation instead in "View as Citations" mode.

Supported Platforms

The supported versions of Microsoft Word, Mac OS X and Linux changed in Mendeley Desktop 1.12.

1. The Microsoft Word plugin for Windows requires Word 2007 or later. Office 365 is supported.
2. The Microsoft Word plugin for Mac requires Word 2011.
3. Mendeley Desktop for Mac requires OS X 10.6 or newer and a 64bit Mac (this includes all systems built in late-2006 or later).
4. Mendeley Desktop for Linux requires Ubuntu 12.04 or an equivalently new flavor of Debian, Red Hat etc.

Feedback and Support

1. If you have suggestions for improvements please let us know by visiting the feedback forum.
2. If you encounter any problems using Mendeley or have questions to ask please contact our support team.
3. For news and updates about Mendeley see our blog.

NgeMendeley dan NgeZotero bersama calon Doktor.

bersama para calon doktor.
  foto oleh Nugroho DC (nugrohodc@ugm.ac.id)

Beruntung saya mendapatkan kesempatan untuk mengampu manajemen data riset di FTP UGM. Kali ini saya juga menyampaikan tentang Zotero dan Mendeley.
Pesertanya sebagian besar mahasiswa S3, dan sepuh-sepuh :) Tapi semangatnya mantap gan..

Gak yahu ya, kok saya hapal dengan yang namanya bu Tatik. Jadi ingat sama ibu saya yang sudah tiada :(


Okelah, jadi pesertanya banyak. Kayake 40an lebih dan saya dapat waktu 1 jam. Nah, singkat cerita, dengan jurus ceramah dan sedikit gaya akhirnya mereka mau lanjut lebih dari satu jam. Kan biasanya orang diceramahi itu bosan, ini malah minta nambah.
Okelah...
Mengenalkan Zotero dan Mendeley,  bagi yang belum tahu sama sekali keampuhannya, akan terkesima pada sesi generate daftar pustaka dan input file digital. Selain itu juga insert data via DOI, ISBN dan PMID. Kali ini hanya dua senjata ampuh yang saya mainkan, yaitu generate daf-pus dan insert file .pdf ke aplikasi. Ternyata sudah membuat mereka penasaran.
Saya melihat, sepertinya memang banyak mahasiswa yang masih tradisional dalam mengelola data risetnya. Bayangkan, ketika saya tanya mereka kebanyakan merename  nama file yang diunduh mengganti dengan nama/judul artikel. Ini dilakukan untuk mempermudah pencarian.
"Lah, kalau punya 500 artikel... mosok kuliah habis waktu buat merename file. Bacanya kapan....". Tak disangka, saya bilang begitu pecahlah tawa mereka. Ternyata saya bakat standup comedi hehe.

Acara selesai pukul 11.45 yang dimulai dari pukul 10.00, saya bagikan merchandise Mendeley, saya dapat nasi kotak lalu saya pulang. Eh, ada lagi ding... ternyata banyak ibu-ibu yang minta nomor HP saya.. buat janjian katanya. "Maaf ya bu, saya sudah menikah, jangan jodohkan dengan anak ibu".. wekkk.